藥物性肝損傷有一部分與個人體質有關，所謂的體質就是基因。近年發展出藥物基因學，可了解個體的藥物代謝基因如何影響肝臟的代謝機制。透過基因檢測，一方面可預測每個人服藥的有效程度，二方面也能找出特殊體質的病患，進而避免或減少服用與該代謝基因有關的藥物，降低藥物性肝損傷的風險。

目前已發現數百種與藥物代謝有關的基因，在美國甚至已做出商業化的晶片，抽血一次就能檢測兩、三百個相關的基因，可預測藥物的成效與副作用，但尚不普及。

現階段研究較為透徹的藥物代謝基因，是以下兩大類：
1. 藥物代謝酵素有關基因
若基因出現核苷酸變異、序列缺失（deletion）或者重複（repeat），都會影響到酵素代謝的強弱。舉例來說，抗結核藥物isoniazid需要仰賴肝臟的乙醯轉化酶（N-acetyltransferase , NAT）此種酵素代謝，而基因NAT2 可決定該酵素作用的強弱，根據每個人帶有的基因不同，又可分為「快乙醯化」、「中乙醯化」、「慢乙醯化」三類。研究發現屬於慢乙醯化者，酵素作用較慢，可能讓藥物代謝過程中較易出現有毒中間產物，而造成肝毒害。

2. HLA相關基因
若病人帶有HLA（人類白血球抗原）相關基因陽性，在服用降尿酸藥物allopurinol、抗癲癇藥物carbamazepine時，除了可能讓肝損傷風險提高外，還可能合併皮膚不良反應，出現如史帝夫強森症候群或中毒性表皮溶解症等嚴重的皮膚潰爛，死亡率也較高。因此目前醫師初次開立上述藥物前，會先檢驗病人是否帶有HLA-B*5801與HLA-B*1502基因型，避免藥物的危害，健保有給付。