幽門螺旋桿菌的治療並不困難，透過服用二種抗生素加上氫離子幫浦阻斷劑（Proton pump inhibitor, 簡稱為PPI）的「三合一療法」，經過14天療程，治癒率達9成以上，因此若檢查發現有幽門螺旋桿菌感染，務必要對症治療，最好在40歲之前就治癒，可避免罹患慢性胃炎或是無法逆轉的萎縮性胃炎。

治療幽門螺旋桿菌感染也能達到預防胃癌的效果，因為一旦出現萎縮性胃炎，胃壁會愈來愈薄，導致胃部某些區塊變成會分泌黏液的腸黏膜杯狀細胞，也就是腸道的黏膜細胞出現在胃壁裡面，稱為腸化生（intestinal metaplasia），其中有一種型態會變成胃癌，因此若出現腸化生患者，必須每年做一次胃鏡檢查，以早期發現、早期治療。