幽門桿菌的治療主要是以氫離子幫浦抑制劑（PPI）再搭配多種抗生素。早期治療處方為使用7?14天的三合一（PPI, Amoxicillin, Clarithromycin）為主。然而因為抗生素的使用，使得抗藥性菌株的盛行率升高，傳統的三合一治療效果逐漸變差。新一代的處方則是以含鉍劑的四合一療法（PPI, Bisthmus, Tetracycline, Metronidazole）為首選用藥。除菌率超過9成之外，服藥時間也可縮短為10天。然而鉍劑的副作用稍大（噁心、嘔吐、腸胃不適等），因此建議於給藥之前給予病患適當的衛教，使其能完整服藥。