非特異性消化不良症狀、易飽、飯後腹脹等，有時有消化性潰瘍症狀，如空腹胃痛和飯後胃痛不舒服等，晚期有貧血相關症狀，症狀常被疏忽而不易警覺。

胃鏡切片是最佳診斷工具，判定幽門螺旋桿菌萎縮性胃炎（HpAG）或自體免疫性萎縮性胃炎（AIG），有無腸化生（intestinal metaplasia-IM）和細胞異生（dysplasia）、早期癌化病灶，評估萎縮性胃炎和腸化生的範圍和嚴重度分級。高解析度內視鏡和影像強化窄頻光波（narrow-band imaging-NBI）更能提升精確的診斷，尤其腸化生、細胞異生和癌化的病變。依新的胃炎分類系統（updated Sydney protocol）進行胃部拓樸切片採集多部位檢體，對異常黏膜部位進行標的切片。血液PGI、PG II和PGI/II找出嚴重的萎縮性胃炎和癌化傾向。

疑自體免疫性萎縮性胃炎者，如胃體部萎縮和無幽門螺旋桿菌感染證據且無治療病史者，可驗抗胃壁細胞抗體（anti-parietal cell antibody）和抗內因子抗體（anti-intrinsic factor antibody）。自體免疫性萎縮性胃炎主要是T淋巴球造成胃腺胃酸黏膜（oxyntic mucosa）破壞，尤其是胃體部，為病理特徵。自體免疫性萎縮性胃炎患者同時有胃竇部萎縮，代表併有幽門螺旋桿菌萎縮性胃炎。輕度自體免疫性萎縮性胃炎往往只有胃體部和底部非特異的黏膜泛紅，不易早期診斷。